Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 9

Zgodnie z tym jakościowym pomiarem, B. enterica była mniej obfita w próbkach otrzymanych przed wystąpieniem zapalenia okrężnicy przewodu, była obecna we wszystkich próbkach uzyskanych w pobliżu czasu rozpoznania zapalenia jelita grubego, aw niektórych przypadkach zmniejszała się w obfitości po leczeniu przeciwbakteryjnym. B. enterica wykryto także w próbkach pobranych z biopsji żołądka i dwunastnicy od trzech pacjentów z zapaleniem okrężnicy przewodu pokarmowego (Pacjenci 5, 6 i 11), którzy mieli zajęcie górnego odcinka przewodu żołądkowo-jelitowego w momencie rozpoznania (patrz Dodatek Uzupełniający). Sekwencjonowanie odczytane z B. enterica zidentyfikowano również w próbkach pobranych z biopsji dwunastnicy i żołądka od pacjenta z zapaleniem okrężnicy po HSCT w Szpitalu Ogólnym w Massachusetts (patrz Dodatek Dodatek). Ten pacjent miał pewne kliniczne i histopatologiczne cechy, które były zgodne z diagnozą zapalenia okrężnicy przewodu.
FISH zastosowano do wizualizacji B. enterica w utrwalonych w formalinie, zatopionych w parafinie próbkach okrężnicy od pacjentów z zapaleniem okrężnicy przewodu. Hybrydyzacja zarówno z uniwersalnymi sondami bakteryjnymi, jak i bradyrhizobowymi wykazała obecność specyficznego sygnału fluorescencyjnego reprezentującego B. enterica w tkance dotkniętej chorobą (Figura 3G do 3K). Ten sygnał był nieobecny w normalnych próbkach okrężnicy (Figura 3L i 3M). Wszystkie próbki, które były badane za pomocą FISH, były barwione kontrastowo 4 , 6-diamidino-2-fenyloindolem (DAPI) w celu wizualizacji jąder komórek gospodarza.
Dyskusja
Konwencjonalne narzędzia mikrobiologiczne można z powodzeniem stosować do wykrywania wielu klinicznie istotnych organizmów zakaźnych. Jednak wiele potencjalnie zakaźnych zespołów pozostaje idiopatycznych. Ustalenie potencjalnego czynnika przyczynowego w tych chorobach może być trudne i często kończy się niepowodzeniem. Kilku obserwatorów przewidziało, że nowe metody genomiczne, które są czułe i bezstronne, mogą oświetlać kandydatów w podgrupie chorób, tak jak to miało miejsce w wybranych okolicznościach. [14]
Wykorzystaliśmy narzędzia genomowe do identyfikacji nowego gatunku bakterii, tymczasowo nazwanego B. enterica, w próbkach pobranych od kohorty pacjentów z idiopatycznym zespołem zapalenia jelita grubego reagującym na antybiotyk z wyraźnymi cechami histopatologicznymi. Bez wiedzy a priori o organizmie, zebraliśmy nowy gen bakteryjny i potencjalny ludzki patogen z próbki tkanki chorobowej. Nietypowy brak różnorodności mikrobiomu okrężnicy po HSCT, który zanotowaliśmy w tych próbkach, opisano poprzednio3. Obfitość B. enterica w próbkach sugeruje, że zespół ten różni się od innych znanych syndromów zapalenia okrężnicy związanych z transplantacją. Wydaje się, że organizm jest specyficzny dla pacjentów z zapaleniem jelita grubego; nie był obecny w różnych kontrolach, w tym u pacjentów z GVHD jelit.
Analiza filogenetyczna wykazała, że B
[podobne: cyklopiroksolamina, żuraw warsztatowy, olejowanie wlosów ]